La chiesa, situata sulla strada che collega Campione a Bissone, è stata edificata su un terrazzo raggiungibile direttamente dal lago grazie ad una monumentale scalinata a doppia rampa. Documentata a partire dall’anno 874 come chiesa di S. Maria, venne ricostruita tra il XIII e il XIV secolo e trasformata al suo interno in periodo barocco, tra il 1623 e il 1636. Il portico è stato aggiunto tra il 1730 e il 1740. Questa meravigliosa chiesa conserva ricchissimi cicli di affreschi che spaziano dal Trecento al Seicento. La parete esterna del lato meridionale della navata è decorata con un Giudizio Universale, in stile gotico internazionale, datato 1400 ed eseguito dagli artisti Lanfranco de Veris e il figlio Filippolo, pittori milanesi, commissionato dagli Scolares di S.Maria dei Ghirli. Sopra il portale laterale vi è un affresco raffigurante l’Annunciazione, datato 1474; sul secondo pilastro la figura di un santo con spada del 1400 e sull’ultimo una Madonna col bambino del 1480. Entro una cornice rinascimentale vi sono delle scene affrescate rappresentanti il Paradiso Terrestre, probabilmente eseguiti nel 1514 da Bernardino Luini. Sul lato esterno nord affreschi raffiguranti i Santi Rocco e Sebastiano, eseguiti nel Cinquecento, e resti di decorazioni trecentesche. All’interno affreschi di stile gotico, eseguiti verso la fine del XIV secolo, ricoprono le pareti laterali della navata e della controfacciata con scene della Vita di S. Giovanni Battista. Gli anonimi affreschi, data la loro alta qualità, non possono essere opera che di un grande rappresentante della pittura trecentesca lombarda. Tra i nomi che vengono proposti vi è quello di Giovanni da Milano. La zona del presbiterio e della cupola a tamburo fu interamente affrescata da Isidoro Bianchi nel 1634. Lo stesso Bianchi diresse i lavori di trasformazione in stile barocco della chiesa.