Situato nel quartiere vecchio di Mendrisio, l’oratorio è di fondazione altomedievale. Dell’edificio medioevale, ricostruito tra il XVI e il XVII secolo, rimane soltanto la torre campanaria forse risalente al XII secolo. All’interno la navata, voltata a botte e suddivisa in tre campate, è decorata con dipinti eseguiti da Angelo Sala di Milano nel 1848. Interessante la cappella di S. Carlo, costruita nel 1656: sopra l’altare marmoreo statua in terraccota di S. Carlo Borromeo, realizzata da Agostino Silva di Morbio Inferiore nel 1663. La cupola è stata affrescata da Giovanni Battista Bagutti, verso la fine del Settecento, con motivi illusionistici. Sul lato ovest immagine dell’inizio del Cinquecento della Madonna.

Nel 1911, nel corso di scavi per la posa di una tubatura nell’area antistante la chiesa, furono scoperti frammenti di mosaico appartenenti ad una villa romana, databili intorno al I-IV secolo dopo Cristo. Ricerche condotte nel 2002, in occasione di un’importante riattazione del nucleo, hanno permesso di riportare alla luce strutture murarie della villa che interessano anche parte della chiesa di S. Maria in Borgo. La presenza dell’edificio è sicuramente da mettere in relazione ad una strada romana rinvenuta nel 1921 dietro l’attuale coro della chiesa. La fase abitativa sembra terminare, a causa di un crollo, nel V secolo ma ancora nel Medioevo l’area risulta utilizzata, come sembra confermare il recupero di alcune strutture murarie d’epoca romana per costruzioni più tarde.