Quest’antica chiesa gentilizia delle famiglie Torriani e Busioni è attestata dal 1276, ma si suppone che la sua fondazione sia molto più antica. La dedicazione a S. Sisinio, infatti, è legata a capisaldi fortificati longobardi che componevano la rete difensiva del Seprio, intorno ai quali sorsero, con l’abbandono dell’arianesimo e l’avvento del cristianesimo, piccole chiese. Il Baroffio, nel 1860, testimonia ancora dell’esistenza, nei pressi della chiesa, di una torre e di resti di un castello la cui distruzione, si suppone, è avvenuta intorno al 1350. Nel 1454 i Torriani diedero la cura della chiesa ai Serviti, che vi rimasero fino al 1477, i quali restaurarono gli edifici esistenti e costruirono l’annesso convento. 

Da allora, fino al XIX secolo, l’edificio ha subito continue trasformazioni. Radicali quelle apportate alla fine del XVII secolo, con l’aggiunta di una nuova cappella e il rifacimento del coro. La facciata ha un frontone neogotico. Sopra l’ingresso, affresco di S. Sisinio, opera del 1865 di Antonio Rinaldi di Tremona. All’interno, la navata è suddivisa in tre campate. Sulle pareti laterali quattro grandi affreschi eseguiti nel 1806: i primi due a lato dell’ingresso, S. Ambrogio e l’imperatore Teodosio e S. Agostino e l’eretico Fausto, sono opera di Francesco Catenazzi: gli altri due, S. Vigilio e i martiri e S. Carlo e le reliquie di S. Sisinio, di Abbondio Bagutti: la volta è stata dipinta dalla mano di Giovanni Battista Bagutti. Nel coro si trova la pala de Il martirio di S. Sisinio, dipinta nel 1786 da Giovanni Battista Bagutti per sostituire un polittico di Bernardino Luini che era stato venduto. Sulle pareti del coro, due grandi affreschi con episodi della Vita di S. Sisinio eseguiti, sempre nel 1806, da Abbondio Bagutti. Due cappelle laterali lungo la navata: nella Cappella dell’Immacolata, statua lignea della Vergine presumibilmente dell’inizio del Settecento; in quella di S. Giuseppe, statua di S. Giuseppe col bambino della fine del XVIII secolo.