L’ospizio di S. Giovanni è documentato dal 1268, ma sicuramente è di fondazione più antica. Retto inizialmente dagli Umiliati, nel 1477 fu affidato ai Padri Serviti che dalla chiesa di S. Sisinio di Torre furono chiamati nel borgo per riordinare il dissestato ospizio ed erigere una nuova casa. Essi ressero la chiesa e l’ospizio, con alterne vicende, fino al 1852, anno in cui lasciarono definitivamente Mendrisio. I Serviti si attivarono immediatamente e promossero, in sostituzione dell’antica costruzione oggi oratorio di S. Maria delle Grazie, la costruzione di una nuova chiesa terminata nel 1503. Nel 1721 la cinquecentesca chiesa, tranne il campanile, venne integralmente demolita e al suo posto fu costruito un nuovo edificio su disegno di Giovanni Pietro Magni di Castel S. Pietro, architetto attivo in particolare alla corte di Würzburg.

La chiesa, consacrata nel 1738, è considerata uno dei più significativi esempi del tardobarocco ticinese e dell’abilità delle maestranze locali. All’esterno la facciata, ad un ordine tripartito da lesene, reca alcuni ovali o tondi dipinti con figure di santi; sopra l’ingresso S. Giovanni che predica nel deserto, opera di Giovanni Battista Bagutti di Rovio. L’interno, con navata unica voltata a botte suddivisa in tre campate, è riccamente decorato con stucchi eseguiti da diversi maestri: Giovanni Giulio Brenni di Salorino, Antonio Catenazzi di Mendrisio, Carlo Moresco di Somazzo; da Balerna provengono Francesco Spinedi, Giuseppe e Pietro Antonio Bernasconi; autori degli stucchi del coro sono Cesare e Giovanni Battista Calderari di Rancate. La volta è decorata con affreschi eseguiti nel 1744 da Giovanni Battista Brenni di Salorino e Giovanni Battista Bagutti. L’altare marmoreo e le decorazioni sono opera di Agostino Rossi di Arzo. Nella cantoria si trova il dipinto raffigurante la Madonna, proveniente dal cinquecentesco edificio, eseguito nel 1575 da Cesare Carpani di Como. I transetti hanno interessanti altari marmorei e pale di grande valore artistico: sull’altare di sinistra i SS. Sebastiano e Rocco sono opera del 1668 di Francesco Innocente Torriani. Nel corridoio che conduce al campanile si trova un bassorilievo raffigurante «Frater Lucas Degaravo» che fece erigere la chiesa nel 1503. La sagrestia è stata affrescata, tra il 1754 e il 1755 da Giovanni Battista Bagutti, autore anche dei famosi trasparenti processionali.

A lato della chiesa si trova il convento, la cui parte più antica è nel porticato quadrangolare con colonnati a cinque campate che reggono volte a crociera. Sul lato nord è inserito un piccolo campanile a vela del XVIII secolo. Va segnalato, nell’angolo del lato sud del portico, un bassorilievo in pietra di Saltrio raffigurante i SS. Giovanni Battista e Caterina, eseguito nel 1514 da Giovanni Gaggini di Bissone.